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La resistenza antimicrobica (AMR-Antimicrobial resistance) nei batteri e la morbilità e mortalità nell'uomo sono in aumento. Una ricerca internazionale ha quantificato e caratterizzato i gruppi di geni di resistenza acquisiti (resistomi) da 181 allevamenti di suini e 178 allevamenti avicoli provenienti da nove paesi europei (Belgio, Bulgaria, Germania, Danimarca, Spagna, Francia, Italia, Olanda e Polonia), sequenziando oltre 5.000 Gb di DNA usando la metagenomica. Lo studio ha identificato la presenza di 407 geni della resistenza agli antibiotici negli oltre 9000 capi analizzati.
L'AMR acquisita è stata quantificata utilizzando il database ResFinder e un secondo database costruito per questo studio, che consisteva di geni AMR identificati attraverso l'analisi del DNA ambientale.
I resistomi trovati nei suini e nel pollame erano molto diversi nell'abbondanza e nella composizione. C'era un effetto significativo del paese sui resistomi, più nei suini che nel pollame. Sono stati osservati carichi di AMR più elevati nei suini, mentre i resistomi nel pollame erano più diversificati. Sono stati rilevati diversi geni di AMR critici recentemente descritti, tra cui mcr-1 e optrA, la cui abbondanza differiva sia tra le specie ospitanti che tra i paesi. È stato osservato che il livello di AMR totale acquisito era associato all'uso di antimicrobici specifici in zootecnia in ciascun paese e che i paesi con modelli di utilizzo comparabili avevano resistomi simili. Tuttavia, i geni di AMR funzionalmente determinati non erano associati all'uso totale di farmaci.
Rilevante è anche l'omogeneità dei risultati ottenuti nei campioni di suini in cui nella maggior parte di essi sono stati riscontrati geni di resistenza a tetracicline, macrolidi, beta-lattamici e aminoglicosidi. Al contrario, nei campioni di pollo, i risultati ottenuti erano molto eterogenei, e sono stati trovati anche geni di resistenza agli stessi antibiotici, ma in quantità molto diverse tra i campioni analizzati.
Patrick Munk, et al. Abundance and diversity of the faecal resistome in slaughter pigs and broilers in nine European countries. Nature Microbiology 2018. DOI: 10.1038/s41564-018-0192-9.
