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La caratterizzazione genetica della sindrome risproduttiva e respiratoria suina (PRRS) ha dimostrato che sistono 2 genotipi: europeo (tipo I) e nord americano (tipo II), che circolano attualmente nel mondo. Il PRRSv contiene un genoma con una dimensione di 15kb che codifica le proteine strutturali nella sequenza 3’ terminale.
Nel 2013, vennero inviati al Laboratorio di Diagnostica delle Malattie Animali del Dipartimento dell'Agricoltura dell'Ohio, 6 campioni di sangue di suini con malattia resiratoria grave di un allevamento dell'Ohio. Tutti i campioni risultarono positivi per il PRRSv mediante RT-PCR in tempo reale. I valori CT di questi campioni oscillavano tra 15.85 e 28.38. L'isolamento del virus si realizzò utilizzando la linea cellulare MARC-145.
Si osservò un effetto citopatico dopo 4 gg post-inoculazione. La sequenziazione del genoma intero venne completato successivamente per i campioni. L'analisi di tutto il genoma mostró che questo ceppo di PRRSv (OH28372) ha un 92% o inclusa minore similitudine dei nucleotidi con le sequenze pubblicate in GenBank, includendo XW001 e NADC30.
Il gene ORF5 di OH28372 ha un 96% di similitudine dei nucleotidi con le altre sequenziazioni in GenBank. Inoltre, OH28372 ha una delezione di 13 nucleotidi nella regione 3’ non tradotta. In accordo con l'analisi genomica, lo studio filogenetico del genoma completo mostró che OH28372 è strettamente correlato con i ceppi recenti degli USA (XW001 e NADC30) della linea del ceppo nordamericano.
Questo studio mette in risalto l'importanza della vigilanza continua dell'evoluzione del PRRSv utilizando la sequenziazione genomica.
L. Wang, Y. Zhang. Genomic sequencing and analysis of a new porcine reproductive and respiratory syndrome virus isolate from Ohio: virus continues change. 2014 North American PRRS Symposium.
