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Il virus della sindrome respiratoria e riproduttiva suina (PRRSv) è uno dei patogeni più importanti dal punto di vista economico nel settore suinicolo vietnamita. L'ORF5, che partecipa in molti processi funzionali, tra cui l'assemblaggio dei virioni, l'entrata del virus nella cellula ospite e l'adattamento virale alla risposta immunitaria dell'ospite, è stato ampiamente usato negli studi di evoluzione molecolare e di filogenia. La conoscenza dell'evoluzione molecolare dei ceppi di campo del PRRSV potrebbe contribuire al controllo della PRRS in Vietnam.
Risultati
L'analisi filogenetica ha indicato che tutti i ceppi appartenevano alle sub-linee 8.7 e 5.1. Le identità dei nucleotidi e degli aminoacidi tra i ceppi erano dell'84,5-100% e 82-100%, rispettivamente. Inoltre, i risultati hanno rivelato differenze nell'identità dei nucleotidi e negli aminoacidi tra le 2 sub-linee. La predizione di N-glicosilazione ha identificato 7 siti potenziali di N-glicosilazione e 11 glicotipi. Le analisi delle sequenze dei GP5 rivelarono 7 siti sotto la pressione selettiva positiva e 25 sotto la pressione selettiva negativa.
Conclusioni
Le analisi filogenetiche basate sulla sequenza ORF5 hanno indicato la diversità del PRRSV in Vietnam. Inoltre, è stata dimostrata la varianza dei siti di N-glicosilazione e la posizione sotto una pressione selettiva. Questo studio amplia le conoscenze esistenti sulla diversità genetica e l'evoluzione del PRRSV in Vietnam ed aiuta allo sviluppo di vaccini efficaci nei confronti della PRRS in Vietnam.
Hai Quynh Do, Dinh Thau Trinh, Thi Lan Nguyen, Thi Thu Hang Vu, Duc Duong Than, Thi Van Lo, Minjoo Yeom, Daesub Song, SeEun Choe, Dong-Jun An and Van Phan Le. Molecular evolution of type 2 porcine reproductive and respiratory syndrome viruses circulating in Vietnam from 2007 to 2015. BMC Veterinary Research 2016 12:256. DOI:10.1186/s12917-016-0885-3
