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L'importanza del microbiota nel tratto gastrointestinale degli animali è riconosciuta svolgendo un ruolo critico nella salute dell'ospite. Di recente è stata riconosciuta anche l'importanza del micobioma, ma gli studi sono limitati, specialmente nei suini. Lo svezzamento è un momento di stress, cambiamenti nella dieta e una predisposizione alle infezioni, che lo rende un momento di interesse per la suinicoltura.
In questo studio pilota abbiamo cercato di valutare e caratterizzare il micobioma nelle feci di suino dalla nascita e dopo lo svezzamento per studiare la popolazione di micobiomi e la loro dinamica temporale nelle feci dei suinetti.
I campioni fecali coltivati hanno mostrato un aumento significativo del carico fungino dopo lo svezzamento, che non differiva dai livelli negli animali adulti, suggerendo una colonizzazione stabile. Non sono stati trovati funghi coltivabili in alcun campione ambientale analizzato come acqua, cibo, latte o colostro delle scrofe.
Per determinare la diversità fungina presente e affrontare il problema dei funghi non coltivabili, è stato condotto uno studio pilota utilizzando primer per STI e rRNA 16S per il sequenziamento ad alte prestazioni di specie fungine e batteriche, rispettivamente. La diversità delle popolazioni batteriche è aumentata durante il periodo sperimentale (1-35gg dopo la nascita) mentre le popolazioni fungine non hanno mostrato la stessa tendenza temporale.
Dopo lo svezzamento c'è stato un cambiamento dinamico nelle feci in una popolazione dominata da Saccharomycetaceae. Il cambiamento nella popolazione fungina era dovuto alla predominanza di Kazachstaniaslooffiae, un colonizzatore mal caratterizzato del tratto gastrointestinale degli animali.
Summers KL, Frey JF, Ramsay TG, Arfken AM. The piglet mycobiome during the weaning transition: a pilot study. J Anim Sci. 2019 May. https://doi.org/10.1093/jas/skz182
