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Ricercatori del CReSA, National Veterinary Institute (Technical University of Denmark), The Pirbright Insitute (Regno Unito) e del Centro de Investigación en Alimentación y Desarrollo (CIAD AC, Messico) hanno realizzato uno studio centrato inizialmente sul rilevamento da isolati del PRRSV mediante l'esame di gruppi di sequenze dell'ORF5 (genotipi 1 e 2) ottenuti in tutto il mondo e precedentemente pubblicati. Pertanto, esaminarono le sequenze genomiche complete con il fine di determinare i possibili punti di ricombinazione lungo il genoma virale. Per le ORF5 furono analizzate separatamente 11 serie di sequenze del genotipo 1, provenienti da diverse aree geografiche, tra le quali 2 asiatiche, 1 americana e 7 europee e 3 serie di sequenze del genotipo 2 provenienti da Cina, Messico e USA.
Si rilevarono i possibili punti di ricombinazione in 10 delle 11 serie del genotipo 1. In 9 casi, il raggruppamento di almeno 1 isolato fu distinto prima e dopo del punto di ricombinazione. Nel genotipo 2, si osservarono possibili punti di ricombinazione e raggruppamenti distinti di ceppi in 2 dei 3 gruppi di sequenze. I risultati indicarono che la maggior parte dei gruppi di sequenze conteneva almeno 1 sequenza ricombinante. Quando si esaminarono le sequenze genomiche complete, tanto la serie di sequenze del genotipo 1 come quelle del genotipo 2 presentavano punti di ricombinazione (10 e 9 rispettivamente), il che produceva tipologie significativamente differenti prima e dopo del punto di ricombinazione. Si rilevarono genomi in mosaico in sequenze del genotipo 1.
Il PRRSV è uno dei virus più importanti che colpiscono la produzione suinicola in tutto il mondo, causando grandi perdite economiche e problemi sanitari. Una delle domande chiave sul PRRSV è sulla sua diversità genetica, la quale si crede abbia un impatto diretto sulla immunologia, epidemiologia, diagnostica ed efficacia dei vaccini. Una delle cause di questa diversità genetica è la ricombinazione tra i ceppi. Questo studio mette in evidenza che gli isolamenti del PRRSV ricombinati sono comuni nella maggior parte dei paesi con produzione suinicola significativa, specialmente il PRRSV del genotipo 1. Questa osservazione ha implicazioni sulla corretta caratterizzazione dei ceppi del PRRSV, nel futuro sviluppo degli studi filogenetici e nello sviluppo di nuove strategie di controllo della PRRS. Inoltre questo lavoro pone in rilievo la necessità di una comprensione più profonda dei meccanismi e circostanze che intervengono nella generazione della diversità genetica della PRRS.
Martín-Valls GE, Kvisgaard LK, Tello M, Darwich L, Cortey M, Burgara-Estrella AJ, Hernández J, Larsen LE, Mateu E. Analysis of ORF5 and Full-Length Genome Sequences of Porcine Reproductive and Respiratory Syndrome Virus Isolates of Genotypes 1 and 2 Retrieved Worldwide Provides Evidence that Recombination Is a Common Phenomenon and May Produce Mosaic Isolates. J Virol. 2014 Mar;88(6):3170-81.
