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Secondo uno studio realizzato da vari istituti di ricerca statunitensi, gli effetti collaterali dell'utilizzo di antibiotici in sottodosaggio in animali d'allevamento sono evidenti e devono essere considerati nelle analisi del costo-beneficio.
I ricercatori hanno studiato l'impatto degli antibiotici sulla flora intestinale. I suini sotto prova erano in un ambiente molto controllato, un gruppo ha ricevuto una dieta contenenti antibiotici per migliorare il rendimento (clortetraciclina, sulfametazina e pennicilina (conosciuto come ASP250) e un secondo gruppo che ha ricevuto la stessa dieta senza antibiotici. Sono stati realizzati studi filogenetici, metagenomici e PCR quantitativa.
Sono stati osservati cambi nei tipi e filogenetici dei batteri dopo 14 giorni di trattamento con antibiotici, con un aumento di batteri tipo Proteus (1-11%) nei suini medicati rispetto ai suini non medicati. Questo cambio è stato spinto dall'aumento delle popolazioni di Escherichia coli. Le analisi metagenomiche hanno dimostrato che i geni della flora intestinale funzionali correlati con la produzione e conversione dell'energia sono aumentati nei suini alimentati con antibiotico. I risultati indicano anche che i geni di resistenza agli antibiotici si trovano in maggior abbondanza e diversità nella microflora dei suini medicati. Alcuni geni arricchiti, come gli aminoglucoside O-Fosfotransferasi, hanno conferito resistenza agli antibiotici che non erano stati utilizzati in questo studio, il che dimostra il potenziale di selezione indiretta della resistenza a categorie di antibiotici somministrati.
Torey Looft, Timothy A. Johnson, Heather K. Allen, Darrell O. Bayles, David P. Alt, Robert D. Stedtfeld, Woo Jun Sul, Tiffany M. Stedtfeld, Benli Chai, James R. Cole, Syed A. Hashsham, James M. Tiedje, and Thad B. Stanton. In-feed antibiotic effects on the swine intestinal microbiome. PNAS 2012 : 1120238109v1-201120238. http://dx.doi.org/10.1073/pnas.1120238109
