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Il virus della sindrome riproduttiva e respiratoria suina (PRRSV) è un importante patogeno suino che colpisce il settore suinicolo globale. Il primo sistema di classificazione del lineage genetico basato sul frame di lettura aperto 5 (ORF5) che descriveva la diversità genetica globale del vPRRS-2 è stato introdotto più di dieci anni fa. Sebbene siano stati proposti miglioramenti per il lineage predominante negli Stati Uniti (lineage 1), il sistema di classificazione filogenetica vPRRS-2 a livello internazionale non è stato valutato e aggiornato in modo approfondito dal 2010.
Metodi: In questo studio, basato sull'analisi di 82.237 sequenze ORF5 globali riportate nel periodo 1989-2021, vPRRS-2 sono state classificate in 11 genetic lineages (L1-L11) e 21 sublineages (L1A-L1F, L1H-L1J, L5A-L5B, L8A -L8E e L9A-L9E).
Risultati: Il sistema di classificazione proposto è flessibile per crescere se sono necessari ulteriori lineages, sublineages o classificazioni ancora più categorizzate. Ad esempio, per un’indagine epidemiologica più dettagliata, L1C è stato diviso in cinque gruppi (L1C.1‒L1C.5), con L1C.5 corrispondente alla variante L1C emersa di recente. Il confronto tra la tipizzazione del polimorfismo della lunghezza dei frammenti di restrizione (RFLP restriction fragment length polymorphism) e la classificazione filogenetica ha rivelato l'inesattezza dell'utilizzo di RFLP per determinare la correlazione genetica del vPRRS-2 nella maggior parte degli scenari. Sono state determinate l'omologia genetica di sei vaccini commerciali vPRRS-2 con ciascuna lineage/sublineage e la frequenza di rilevamento di virus simili a quelli del vaccino. È stata presentata la distribuzione geografica globale di ciascun lineage/sublineage. I cambiamenti dinamici temporali di vPRRS-2 negli Stati Uniti nel periodo 1989-2021 sono stati studiati analizzando 73.092 sequenze ORF5.
Conclusione: In sintesi, questo studio ha migliorato la classificazione filogenetica del vPRRS-2 basata su ORF5 e ha studiato la distribuzione geografica e i cambiamenti temporali di vPRRS-2 a livello di ineage/sublineage. Il raffinato sistema di classificazione e i dati di epidemiologia molecolare di questo studio saranno molto preziosi per la futura caratterizzazione del vPRRS-2.
Yim-im W, Anderson TK, Paploski IAD, VanderWaal K, Gauger P, Krueger K, Shi S, Main R, Zhang J. Refining PRRSV-2 genetic classification based on global ORF5 sequences and investigation of their geographic distributions and temporal changes. Virology. 2023. https://doi.org/10.1128/spectrum.02916-23
