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Da dicembre 2010 sono apparsi focolai di diarrea su larga scala in suinetti lattanti in tutta la Cina e la vaccinazione contro il PEDV è stata relativamente efficace nel prevenire la diarrea. Tuttavia, nel febbraio 2017, ci sono stati focolai di grave diarrea negli allevamenti di suini vaccinati contro il PEDV nel Guangdong, in Cina. Tutti i maiali malati hanno mostrato una grave diarrea acquosa e la loro insorgenza clinica si è verificata pochi giorni dopo rispetto a quelli infetti da PEDV. Nei test iniziali, PEDV, virus della gastroenterite trasmissibile, rotavirus suino A o deltacoronavirus suino non sono stati rilevati. Inoltre, le scrofe recuperate non hanno mostrato anticorpi neutralizzanti contro il PEDV.
Per indagare sul possibile agente patogeno causante o sui patogeni che hanno causato questa recente diarrea grave nei suinetti in allattamento, gli escrementi sono stati ottenuti da 32 maialini neonati malati provenienti da 3 allevamenti. I suinetti di 5 giorni sono stati divisi in 4 gruppi di 5 ciascuno (3 gruppi in base all'origine degli escrementi, più 1 gruppo di controllo). Ogni animale è stato inoculato per via orale con 5 ml di escrezione. Dopo 2 giorni, tutti gli animali inoculati presentavano sintomi clinici simili, tra cui diarrea e disidratazione. Dopo aver assemblato e mappato le letture di sequenziamento, è stata ottenuta una sequenza completa del genoma del ceppo PEAV GDS04. Il genoma completo del ceppo GDS04 PEAV condivide un'identità nucleotidica elevata (≈95%) con i ceppi bat-HKU2 riportati. L'analisi filogenetica basata sull'intero genoma di GDS04 e 4 generi rappresentanti coronavirus stabiliti, compreso il coronavirus umano e quello del pipistrello, ha dimostrato che il GDS04 va raggruppato con il coronavirus tipo pipistrello. Secondo l'albero filogenetico, la posizione di GDS04 è compresa tra HKU2 e BtRf alphacoronavirus. Il ceppo è stato identificato HKU2 a Hong Kong e nella provincia del Guangdong, in Cina, nel 2007 e l'alfacoronavirus BTRF ceppo individuato in Cina nel 2012. Sulla base di un'approfondita analisi comparativa dei genomi di diversi gruppi di coronavirus, il GDS04 è stato classificato come un alphacoronavirus.
Primer specifici per n-gene sono stati progettati per il rilevamento del ceppo GDS04. Attraverso l'uso della PCR con trascrizione inversa con questi primer, è stato riscontrato che 97 dei 308 campioni clinici intestinali o fecali erano positivi per GDS04. Tutti i campioni clinici di 25 aziende agricole nella provincia del Guangdong sono stati raccolti nel periodo febbraio-aprile 2017 e 20 campioni di suinetti vaccinati sani sono stati utilizzati come controlli negativi.
Questo studio presenta dati preliminari sul rilevamento di un nuovo tipo di virus del tipo coronavirus, PEAV. Si ritiene che il PEAV sia responsabile della più recente diarrea endemica negli allevamenti di suini nel sud della Cina. L'isolamento del virus e i test sierologici sono in corso. L'epidemia di virus appena scoperta è sorto tra i suini con grave diarrea nelle aziende di allevamento suino nel sud della Cina, suggerendo che i focolai regionali di diarrea potrebbero contribuire all'emergere di nuovi virus pandemici. Per i GDS04 PEAV è necessaria un'estesa sorveglianza per definire la loro epidemiologia ed evoluzione.
Gong L, Li J, Zhou Q, Xu Z, Chen L, Zhang Y, et al. A New Bat-HKU2–like Coronavirus in Swine, China, 2017. Emerg Infect Dis. 2017;23(9):1607-1609. https://dx.doi.org/10.3201/eid2309.170915
