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Per conoscere meglio l'evoluzione dei virus dell'influenza A (IAVs) durante l'infezione dei suini vaccinati, abbiamo infettato sperimentalmente un suino non esposto di 3 settimane di vita con un IAV H1N1 triplo ricombinante e lo abbiamo alloggiato in contatto diretto con un gruppo di suini vaccinati della stessa età (n = 10).
Abbiamo messo in ordine i dati della diversità genetica e l'evoluzione del virus a livello intra-ospiti mediante la sequenziazione approfondita di tutto il genoma partendo da tamponi nasali raccolti in 2 campionamenti separati durante l'infezione.
Abbiamo ottenuto 13 metagenomi dell'IAV a partire da 13 campioni, che includevano il virus di inoculazione e due campioni per ognuno dei 6 suini che risultarono positivi all'IAV durante lo studio. L'infezione produsse una popolazione di alleli eterogenei (varianti sequenziali) che era dinamica nel tempo. In generale abbiamo identificato 794 polimorfismi tra tutti i campioni, che vennero distribuiti in 327 alleli, 214 dei quali erano sequenze uniche. Si traslarono un totale di 43 proteine di emoagglutinina diverse, due delle quali vennero osservate in molteplici suini, mentre si conservò la neuraminidasi (NA) e si riscontrò solamente una NA dominante durante tutto lo studio. La diversità genetica dell'IAVs variò dinamicamente nei e tra i suini. Tuttavia, la maggior parte delle sostituzioni osservate nei segmenti interni dei geni erano sinonimi.
I nostri risultati evidenziano una rimarchevole diversità dell'IAV e la complessa, rapida e dinamica evoluzione dell'IAV durante l'infezione di suini vaccinati che può essere apprezzata soltanto con campionature ripetute di singoli soggetti ed analisi sequenziali approfondite.
Diaz A, Enomoto S, Romagosa A, Sreevatsan S, Nelson M, Culhane M, Torremorell M. Genome plasticity of triple-reassortant H1N1 influenza A virus during infection of vaccinated pigs. J Gen Virol. 2015 Oct;96(10):2982-93. doi: 10.1099/jgv.0.000258. Epub 2015 Aug 5. PMID: 26251306
