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Un’epidemia di peste suina africana (PSA), una malattia mortale dei suini domestici e dei cinghiali causata dal virus della peste suina africana (ASV), si è verificata in Georgia nel 2007 e da allora si è diffusa in tutto il mondo. Storicamente, la PSA è stata classificata in 25 genotipi diversi. Tuttavia, un nuovo sistema proposto ha ricategorizzato tutti i ceppi virali in 6 genotipi utilizzando esclusivamente le sequenze proteiche p72 previste. Tuttavia, il genoma della PSA è molto esteso e codifica tra 150 e 200 geni, quindi le classificazioni basate su un singolo gene sono insufficienti e fuorvianti, poiché i ceppi che codificano per un p72 identico spesso presentano mutazioni significative in altre aree del genoma.
Metodi: In questo studio viene presentata una nuova classificazione del vPSA basata su confronti effettuati considerando l'intero proteoma codificato. È stata analizzata la somiglianza tra sequenze proteiche omologhe da un database selezionato composto dalle sequenze proteiche previste per essere codificate da 220 genomi vPSA riannotati. I pesi sono stati applicati alle matrici di identità delle proteine e ne è stata calcolata la media per generare una matrice di identità genoma-genoma che è stata poi analizzata da un algoritmo di apprendimento automatico non supervisionato, DBSCAN, per separare i genomi in gruppi distinti.
Conclusione: Si è concluso che tutti i genomi del virus della PSA disponibili possono essere classificati in 7 diversi biotipi.
Dinhobl M, Spinard E, Tesler N, Birtley H, Signore A, Ambagala A, Masembe C, Borca MV, Gladue DP. Reclassification of ASFV into 7 Biotypes Using Unsupervised Machine Learning. Viruses. 2024; 16(1): 67. https://doi.org/10.3390/v16010067
