0
Il grande progresso nella sequenziazione del DNA ha aumentato la nostra abilità nel generare grandi quantità di informazioni sulle sequenziazioni a costi più contenuti...Questi sviluppi hanno permesso la caratterizzazione ed il rilevamento microbico direttamente da campionamenti clinici, conosciuti come la sequenziazione metagenomica...
Sono state realizzate sequenziazioni metagenomiche virali in pool di 5 campioni di campioni nasali e fecali per provenienza (4 macelli ed una stazione di acquisto di rifiuti di origine animale del Sud-est degli Stati Uniti). Le sequenze furono assemblate di nuovo e vennero analizzate per mezzo del BLASTN per identificare i virus presenti.
Vennero identificati 27 virus differenti. Vennero identificate le letture somiglianti ad una famiglia diversa di virus di DNA circolare a catena semplice quasi in ogni campione (47 di 50). Altri virus identificati nei 5 siti del campionamento ed in più della metà dei campioni erano bocavirus, torovirus, posavirus, virus torque teno, virus IAS, picobirnavirus, e teschovirus. I virus identificati nei vari siti in oltre il 20% dei campioni includevano enterovirus, parvovirus, virus dell'influenza A, sapelovirus e Senecavirus A. Altri virus del suino significativi rilevati con minor frequenza includevano il circovirus suino tipo 2, virus della diarrea epidemica suina ed il deltacoronavirus suino.
In pratica, questi risultati suggeriscono che la sequenziazione metagenomica è uno strumento poderoso per la caratterizzazione ed il rilevamento dei virus...
Hause BM, Duff JW, Scheidt A, et al. Virus detection using metagenomic sequencing of swine nasal and rectal swabs. J Swine Health Prod. 2016;24(6):304–308.
