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Il virus della peste suina africana (PSA/ASF) sta attualmente causando una pandemia globale altamente letale nei suini domestici e nei cinghiali. Attualmente in Vietnam vengono commercializzati vaccini ricombinanti vivi attenuati basati su un ceppo virale di genotipo II. Con 25 genotipi del virus della PSA descritti in letteratura, è importante comprendere le basi molecolari e l’utilità della genotipizzazione del virus della PSA, nonché la reale importanza dei genotipi nell’epidemiologia, trasmissione, evoluzione, controllo e prevenzione del virus della PSA. Storicamente, la genotipizzazione del virus della PSA veniva utilizzata per il monitoraggio epidemiologico della malattia e si basava sull’analisi di piccoli frammenti che rappresentano meno dell’1% del genoma del virus.
Metodi: Il metodo predominante per la genotipizzazione del virus della PSA si basa sul sequenziamento di un frammento all'interno del gene che codifica per la proteina strutturale p72. L'assegnazione del genotipo è stata effettuata utilizzando alberi filogenetici automatizzati o confrontando la sequenza bersaglio con il gene p72 genotipizzato più strettamente correlato. Per valutare la sua idoneità alla genotipizzazione mediante p72, in questo studio sono stati rianalizzati tutti i dati genomici disponibili per il virus della PSA.
Risultati: Si è concluso che la maggior parte dei genotipi basati su p72, quando inizialmente creati, non sono stati identificati in base ad alcun criterio metodologico specifico né sono stati confrontati correttamente con i genotipi del virus della PSA già esistenti.
Conclusione: Sulla base dell'analisi effettuata sulle sequenze della proteina p72, si propone di ridurre gli attuali 25 genotipi, creati esclusivamente dalla sequenza p72, a soli 6 genotipi. Per aiutare a differenziare tra il nuovo e il vecchio sistema di classificazione del genotipo, si propone di utilizzare numeri arabi (1, 2, 8, 9, 15 e 23) invece dei numeri romani precedentemente utilizzati. Inoltre, viene discussa l'utilità della genotipizzazione degli isolati del virus della PSA basata esclusivamente sulla sequenza del gene p72.
Spinard E, Dinhobl M, Tesler N, Birtley H, Signore AV, Ambagala A, Masembe C, Borca MV, Gladue DP. A Re-Evaluation of African Swine Fever Genotypes Based on p72 Sequences Reveals the Existence of Only Six Distinct p72 Groups. Viruses. 2023; 15(11):2246. https://doi.org/10.3390/v15112246
