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Il Senecavirus A (SVA) è un virus a RNA a filamento singolo a senso positivo appartenente al genere Senecavirus, famiglia Picornaviridae. Il primo ceppo SVA, SVV-001, è stato identificato come contaminante nel supernatante della linea cellulare PER.C6. In Canada, l'AVS è stato scoperto per la prima volta come causa della malattia vescicolare idiopatica dei suini, che provoca erosione e vescicole sul muso e nella cavità orale dei suini. Da allora, alcuni focolai sono stati segnalati in dettaglio negli Stati Uniti, Brasile, Cina, Tailandia e Colombia.
Dalla prima apparizione di SVA in Cina nel 2015, non sono stati segnalati ceppi isolati di SVA in suini senza sintomatologia, solo presenza nel liquido vescicolare. In questo studio, viene determinata una nuova sequenza genomica completa del ceppo SVA GX2018-92, che è stata isolata da un suino asintomatico in un macello in Cina nel giugno 2018. Questo campione non ha mostrato alcun cambiamento patologico ed è stato verificato come positivo per SVA RNA mediante PCR di trascrizione inversa (RT-PCR). Il surnatante filtrato è stato quindi inoculato nelle cellule BHK e sono stati eseguiti tre passaggi ciechi seriali fino a quando è stato osservato un effetto citopatico. Il virus è stato purificato mediante un test di formazione di placche e l'mRNA è stato estratto utilizzando TRIzol (Thermo Fisher, USA). RT-PCR è stata eseguita utilizzando un kit PrimeScript One-Step RT-PCR (TaKaRa Bio, Inc., Giappone) insieme a 8 primer accoppiati (prodotti secondo le sequenze del ceppo SVV-001 [numero di accesso GenBank NC_011349] e un ceppo cinese [numero di accesso GenBank MF893200]) per amplificare l'intero genoma SVA.
I prodotti della PCR sono stati clonati e sequenziati (Sangon, Cina). Le sequenze terminali 5 'e 3' sono state determinate utilizzando un kit per l'amplificazione rapida delle estremità del cDNA (RACE; 3 'RACE e 5' RACE). Tutti i frammenti sono stati amplificati e sequenziati tre volte in entrambe le direzioni e DNAStar ha assemblato le letture per costruire un genoma quasi completo del ceppo SVA GXT2018-92.
Questo ceppo è costituito da 7.280 nucleotidi (nt) e ha una struttura simile a quella di altri virus della famiglia Picornaviridae. È composto da una regione non tradotta (UTR) di 668 nt 5 ′, una UTR da 66 nt 3 ′ e un frame di lettura aperto (ORF) che mappa dalle posizioni da 659 a 6546 e codifica una poliproteina di 2.182 aminoacidi. La poliproteina è composta da una proteina leader (L), quattro proteine strutturali (VP4, VP3, VP2 e VP1) e sette proteine non strutturali (2A, 2B, 2C, 3A, 3B, 3C e 3D). L'analisi filogenetica ha indicato che GXY2018-92 era più strettamente correlato ai ceppi cinesi KY419132 e KY747510 che a qualsiasi altro ceppo SVA su GenBank.
Sebbene il virus GXT2018-92 sia stato isolato da un campione di suino con infezione subclinica, non appartiene a un ramo evolutivo diverso da altri ceppi che possono causare sintomi vescicolari. La sequenza del genoma di GXY2018-92 condivideva l'identità del 97,7% e del 93,2% a livello di nucleotidi con quelle dei ceppi SVA / HLJ / CHA / 2016 (numero di accesso GenBank KY419132) e SVV-001 (Numero di accesso GenBank NC_011349), rispettivamente. Condivide una maggiore omologia con il classico ceppo SVV-001, indicando che le mutazioni nucleotidiche nel ceppo epidemico hanno continuato ad evolversi.
In conclusione, questi dati genomici per GXT2018-92 faciliteranno la comprensione delle caratteristiche molecolari evolutive della SVA.
Zhang Z, Ni B, Zhang L, et al. Complete Genome Sequence of a Novel Senecavirus A Isolate from an Asymptomatic Pig in China. Microbiol Resour Announc. 2019;8(14):e01660-18. Published 2019 Apr 4. doi:10.1128/MRA.01660-18
