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In questo studio longitudinale sono stati analizzati 5 allevamenti di produzione suinetti durante 1 anno e vennero raccolti 4.190 tamponi nasali individuali di 3 sub-popolazioni di suini differenti. Del totale, 207 (4,9%) campioni erano positivi al IAV mediante PCR e si isolarono 124 IAVs.
Vennero sequenziati i genoma completi di 123 ceppi isolati e vennero riscontrati 31 H1N1, 26 H1N2, 63 H3N2 e 3 IAVs mescolati. In base alla emoagglutinina gli IAV vennero identificati in 7 gruppi diversi di virus dell'influenza A (VGs). La maggior parte dei segmenti restanti di geni del IAV permisero di differenziare i VGs, nonostante venne identificato un gruppo virale aggiuntivo per il segmento genico 3 (PA). D'altra parte, il co-rilevamento di più di un IAV VG venne documentato in diversi livelli (allevamento, subpopolazione e suini individuali), mettendo in risalto l'ambiente come mezzo potenziale di ricombinazione del IAV. Inoltre, in 3 dei 5 allevamenti vennero rilevati ceppi di IAV (n=5) con segmenti genici di più di VG ed il 79% di tutti i IAVs sequenziati contenevano la firma mutazionale (S31N) nel gene associato alla resistenza all'antivirale amantadina. Negli allevamenti, i IAVs venivano rilevati solo una volta mentre in altri venivano isolati durante 283 giorni.
I risultati di questo studio illustrano come si mantengono e regrediscono i diversi IAV all'interno degli allevamenti di suini di produzione suinetti lungo il tempo, il che mostra che la dinamica nelle sub-popolazioni dei suini è importante per comprendere meglio la diversità e l'epidemiologia dei IAV dei suini.
IMPORTANTE: Su scala mondiale, i suini sono una delle principali specie che fungono da serbatoio per il virus dell'influenza A (IAV) e giocano un ruolo chiave nella trasmissione dei IAVs tra specie. Inoltre, la pandemia di IAV del 2009 mise in risalto il ruolo dei suini nella comparsa di IAVs con potenziale pandemico. Tuttavia, si dispone di informazioni limitate sulla diversità e distribuzione dei IAV suini negli allevamenti di produzione suinetti, nei quali possono comparire nuovi IAV.
Questo studio mostra la complessa distribuzione e diversità dei IAV tra le sub-popolazioni di suini studiati. I risultati mostrano l'evoluzione dinamica dei IAV negli allevamenti di produzione suinetti, cruciale per migliorare gli interventi sanitari per ridurre il rischio di trasmissione tra i suini e dai suini all'uomo.
Diaz A, Marthaler D, Culhane M, Sreevatsan S, Alkhamis M, Torremorell M; Complete Genome Sequencing of Influenza A Viruses within Swine Farrow-to-Wean Farms Reveals the Emergence, Persistence, and Subsidence of Diverse Viral Genotypes; J Virol. 2017 Jun 28. pii: JVI.00745-17. doi: 10.1128/JVI.00745-17.
