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Articolo
J Gen Virol. 2015 Jul;96(Pt 7):1830-41. doi: 10.1099/vir.0.000100. Epub 2015 Feb 23. Global molecular genetic analysis of porcine circovirus type 2 (PCV2) sequences confirms the presence of four main PCV2 genotypes and reveals a rapid increase of PCV2d. Xiao CT, Halbur PG, Opriessnig T.
Cosa si studia?
Furono analizzati e confrontate 1.680 ORF2 (open reading frame 2) di PCV2 utilizzando vari metodi statistici per valutare la correlazione filogenetica dei ceppi di PCV2.
Come si studia?
Furono realizzate analisi filogenetiche di 1.537 sequenze geniche ORF2 di PCV2 pubblicate precedentemente a febbraio 2014 su “GenBank” (database genomico globale in rete), e 143 sequenze di ORF2 aggiuntive provenienti dal laboratorio di diagnosi dell'Università Statale dell'Iowa (in totale 1.680 sequenze ORF2).
Quali sono stati i risultati?
Lo studio ha confermato che il PCV2 si divide in 4 subtipi principali: PCV2a, PCV2b, PCV2c e PCV2d. Inoltre, gli autori descrivono 6 cladi intermedi più piccoli tra questi subtipi. Uno di questi cladi intermedi sembra essere limitato all'Asia. Sono stati descritti ceppi di questo clado in forma costante, quindi si può considerare un clade attivo. Gli altri clade intermedi includono un numero molto limitato di ceppi per i quali si può dire che sono inattivi. Possono rappresentare piccoli gruppi estinti di ceppi che dimostravano scarsa vitalità, ceppi intermedi di evoluzione del virus o errori analitici. Il PCV2c sembra essere un gruppo estinto di virus. L'affiliazione dei ceppi singoli a differenti genotipi e cladi intermedi dipende a volte dai modelli utilizzati e dal numero di ceppi di riferimento analizzati.
I risultati confermano che ci sono stati grandi cambiamenti da un subtipo ad un altro: nel 2003, prima dell'uso dei vaccini nei confronti del PCV2, è cambiato da PCV2a a PCV2b ed il secondo cambio fu dal PCV2b a PCV2d, che negli USA è stato identificato principalmente tra il 2011 e 2014.
Le analisi filogenetiche aggiuntive suggeriscono che tanto il PCV2b che il PCV2d sono evoluti indipendentemente tra di loro da più di 20 anni. All'interno di ogni sub-tipo si rileva una divergenza genetica graduale. Il motivo per il quale il PCV2 ha una elevata percentuale di mutazioni e tanta diversità genetica, poco frequente nei virus DNA, è sconosciuto. Non si conoscono nemmeno le cause della costante comparsa di ceppi nè delle variazioni dei genotipoi osservati. La prima variazione è successa prima dell'introduzione dei vaccini nei confronti del PCV2.
Quali sono le conclusioni di questo studio?
Questo studio dimostra che il PCV2 evolve molto più velocemente ed è molto diverso rispetto ad altri virus DNA. L'industria suinicola deve essere attenta, deve monitorare l'evoluzione del PCV e determinare la sua importanza per il controllo della PCVD.
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Non ci fermiamo di imparare e di sorprenderci. Sappiamo che i virus DNA sono molto più stabili rispetto ai virus RNA e si caratterizzano per un'evoluzione meno dinamica. Tuttavia, se parliamo di PCV2, pare che non sia così... ci rendiamo conto che è un virus che conosciamo da poco tempo (il primo sequenziamento è del 1967), la verità è che da allora il virus non si è mai fermato. Il suo genotipo continua a cambiare, anche se il significato di questi cambi in termini pratici o applicativi non è chiaro. Dalle conclusioni dell'articolo, sembra emergere il sospetto che la maggior presenza del genotipo PCV2d è correlato al diffuso uso dei vaccini, dato che la maggior parte degli isolamenti provengono da campioni di allevamenti con problemi, nonostante l'uso dei vaccini. Questa coincidenza ha fatto circolare la voce , tra qualche gruppo di tecnici, che i vaccini non proteggerebbero nello stesso modo di fronte a tutti i tipi genetici di PCV2 ad oggi scoperti. Però, credo sia corretto dire che l'articolo non afferma questo in nessun momento. Di fatto, uno degli autori dell'articolo, ha pubblicato più volte studi sull'efficacia dei vaccini commerciali basati sul genotipo PCV2a nei confronti degli altri, incluso del PCV2d. Non dovremmo sorprenderci che quasi tutti i nuovi isolamenti genotipizzati siano da campioni provenienti da allevamenti problema, nonostante l'uso dei vaccini. Se non ci sono problemi, non servono inviare campioni al laboratorio. D'altra parte, è altamente probabile che gli allevamenti con problemi stiano usando i vaccini commerciali. Quando ci si trova di fronte a queste situazioni, dove i suini presentano sintomi clinici che suggeriscono la circovirosi, la vaccinazione è la prima misura da mettere in atto (prima addirittura di fare una diagnosi precisa) e quando si sta già usando il vaccino, si verifica che lo si faccia correttamente, dato che l'efficacia dei vaccini è così evidente che ci sorprendiamo che non possano funzionare. L'articolo evidenzia la sicurezza dei test diagnostici disponibili oggi. I test che permettono di rilevare anche piccoli cambiamenti nel genoma, nonostante le limitazioni, ci permettono di stabilire anche la cronologia della comparsa di queste variazioni, potendo stabilire correlazioni di vicinanza o distanza genetica tra i vari ceppi isolati di campo. Purtroppo, la correlazione tra il genotipo ed il fenotipo, non sempre è conosciuta e questo è uno dei casi. Le alterazioni genetiche possono o no essere associati a cambi della patogenicità e/ antigenicità, e per il momento e in questo caso, non si sa. Dobbiamo aspettare che la scienza vada avanti e riesca a chiarire i dubbi che, tuttavia, circondano il PCV2. |
