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Test disponibili
Coltura batterica
- Isolamento di organismi viventi
- Tipo di campione: feci, contenuto intestinale.
- Pro:
- I batteri sono facili da coltivare in 1 giorno.
- Facile da fare in qualsiasi laboratorio (anche interno).
- Costo relativamente basso.
- Contro:
- Alcuni E. coli fanno parte della normale flora intestinale.
- I suini hanno molteplici E. coli contemporaneamente.
- Se i suini sono stati precedentemente trattati con antibiotici, questo può prevenire la crescita batterica.
Suscettibilità agli antimicrobici (antibiogramma)
- Test in vitro: capacità di un organismo vivente di crescere sotto specifiche concentrazioni di diversi antimicrobici.
- Tipo di campioni: feci, contenuto intestinale.
- Pro:
- Identificazione della suscettibilità o resistenza di ceppi specifici ai comuni antimicrobici.
- Identificazione dei trend di resistenza agli antimicrobici.
- Contro:
- Richiede un isolato batterico.
- I test in vitro possono differire leggermente dai risultati in vivo.
- Alcuni antimicrobici specifici potrebbero non essere inclusi o richiedere test speciali separati.
- Costo moderato.
Istopatologia
- Valuta la presenza di lesioni tissutali (danno) che possono confermare la presenza di malattia. A volte la presenza di organismi può essere rilevata anche direttamente (batteri e parassiti) o indirettamente (virus) utilizzando speciali coloranti aggiuntivi.
- Tipo di campione: tessuti.
- Pro:
- Associa l'adesione batterica al danno intestinale.
- Non è necessaria alcuna colorazione speciale.
- Contro:
- I tessuti intestinali necessitano della fissazione in formalina entro 15 minuti dalla morte dell'animale. Il tessuto intestinale si degrada rapidamente.
- La malattia può essere segmentaria, quindi è necessario inviare più campioni intestinali.
Genotipizzazione
- Una tecnica PCR (reazione a catena della polimerasi), che rileva la presenza di una sequenza specifica di acidi nucleici (DNA) associata a geni di virulenza noti.
- Pro:
- Eseguito mediante PCR; facile da fare.
- Aiuta a identificare la patogenicità rilevando la presenza di geni (non necessariamente espressione genica) associati a fattori di virulenza.
- Geni delle tossine: EAST1, LT, STa, STb, Stx1, Stx2, Stx2e.
- Geni del Pilus: F18, F41, K88 (F4), K99 (F5), 987P (F6).
- Geni delle adesine: AIDA, EAEA, PAA.
- Facilita la selezione adeguata del vaccino (in funzione dei pili).
Geni dell'E. coli rilevati mediante genotipizzazione con PCR e per la loro funzione.
| Gene | Tipo | Descrizione |
|---|---|---|
| EAST1 | Tossina | La tossina intestinale si lega allo stesso recettore e stimola la stessa via secretoria di Sta (la causa della diarrea non è ben stabilita) |
| LT | Tossina | Tossina intestinale che stimola la secrezione intestinale |
| STa | Tossina | Tossina intestinale che stimola la secrezione intestinale principalmente nei suini giovani (diminuisce l'assorbimento di acqua ed elettroliti) |
| STb | Tossina | Tossina intestinale che stimola la diarrea secretoria principalmente nei suini di maggior età (aumenta la secrezione di enterociti) |
| Stx1 | Tossina | La tossina intestinale può essere trovata sia in ceppi patogeni che non patogeni. |
| Stx2 | Tossina | La tossina intestinale può essere trovata sia in ceppi patogeni che non patogeni. |
| Stx2e | Tossina | Tossina sistemica che induce danno vascolare e Malattia degli Edemi. |
| F18 (F107) | Adesina | Pili (fimbria) utilizzato per l'adesione che è presente dopo i 20 giorni di età e comunemente associato a diarrea post-svezzamento e Malattia degli Edemi. |
| F41 | Adesina | Pili (fimbria) utilizzato per l'adesione principalmente nei neonati. |
| K88 (F4) | Adesina | Pili (fimbria) utilizzato per consentire l'adesione dalla nascita a tutte le età. |
| K99 (F5) | Adesina | Pili (fimbria) utilizzato per l'adesione principalmente nei neonati. |
| 987P (F6) | Adesina | Pili (fimbria) utilizzato per l'adesione principalmente nei neonati. |
| AIDA | Adesina |
"Adesina coinvolta nell'adesione diffusa" non fimbriale, più comunemente riscontrata insieme a F18. |
| EAE | Adesina | Adesina non fimbriale che contribuisce alle lesioni da adesione e da cancellazione "attaching-and-effacing" |
| PAA | Adesina | Adesina non fimbriale essenziale per il verificarsi di lesioni da adesione e cancellazione "attaching-and-effacing" . |
- Contro:
- Richiede isolamento batterico.
- I suini possono avere più di un ceppo contemporaneamente, quindi dobbiamo sperare di aver isolato il ceppo corretto.
- Prezzo moderato, ma di solito viene testato solo un ceppo isolato.
Interpretazione dei risultati
Coltura batterica
- L'interpretazione dell'emolisi dipende dall'età degli animali:
- Pre-svezzamento: E. coli. non-emolitico
- Post-svezzamento: E. coli emolitico.
- Purezza:
- Crescita pura: suggerisce altamente che stia contribuendo alla malattia.
- Crescita mista: valore discutibile.
- Quantità:
- Alta: suggerisce altamente che stia contribuendo alla malattia.
- Moderato: interpretazione variabile.
- Basso: valore discutibile (potrebbe essere un contaminante).
- Nessuna crescita: animale eventualmente trattato in precedenza con antibiotici o agenti senza un contributo significativo.
Suscettibilità antimicrobica (antibiogramma):
- Suscettibile: Possibile buona scelta per il trattamento se l'antimicrobico può raggiungere il tessuto bersaglio.
- Resistente: deve essere selezionato un diverso antimicrobico.
- MIC: se viene eseguita la MIC (concentrazione minima inibente), occorre assicurarsi che l'antimicrobico selezionato raggiunga il valore di MIC indicato nell'organo bersaglio.
Istopatologia
- Positivo: forte associazione causale se è in grado di dimostrare lesioni intestinali con E. coli che aderisce alle cellule epiteliali.
- Negativo: nessuna lesione intestinale.
Genotipizzazione
- La genotipizzazione è molto utile per identificare se l'E. coli isolato contiene uno dei fattori di virulenza che potrebbero supportare l'isolato come agente patogeno.
Scenario
Suini con diarrea (qualsiasi età):
- Raccogliere tamponi rettali da 2 o più suini con diarrea non trattati con antibiotici e inviarli per coltura batterica, antibiogramma e genotipizzazione.
- Eutanasia 1-3 suinetti con diarrea che non hanno ricevuto cure. Raccogliere immediatamente 3 campioni di intestino da ogni suinetto e metterli in una soluzione di formaldeide. Raccogliere campioni intestinali freschi per inviarli refrigerati per coltura batteriologica, antibiogramma e genotipizzazione.
