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La diarrea neonatale è uno dei problemi più frequenti negli allevamenti suinicoli in tutto il mondo. La maggior parte delle diarre neonatali sono causate da agenti infettivi e sono direttamente connesse alle pratiche di pulizia e disinfezione. La regola generale di cercare di massimizzare l'uso delle sale parto, porta a volte alla riduzione o a volte all'eliminazione del vuoto sanitario dopo il lavaggio e disinfezione. Il risultato è un aumento della pressione infettante che causa infezioni diarroiche ricorrenti, il che si cerca di risolvere utilizzando schiumogeni o disinfettanti più tecnologici. Alla fine, non c'è niente di più efficace che un buon lavaggio ed una asciugatura che avviene durante il vuoto sanitario adeguato. Gli agenti infettivi associati a questa situazione sono : Escherichia coli enterotossigenica (ETEC), Rotavirus A, B e C, Clostridium perfringens tipo A e C, Clostridium difficile e Isospora suis. Le infezioni da coronavirus come quello della gastroenterite trasmissibile (TGEv), il virus della Dissenteria Epidemica Suina (PEDv) ed i deltacoronavirus sono sufficientemente patogeni per causare malattia clinica, anche in condizioni di buon management, ma diventano più problematici quando la pulizia non è corretta.
Il primo passo per una corretta diagnosi di diarrea neonatale infettiva è la scelta degli animali da valutare. Dobbiamo sempre selezionare un suinetto che abbia appena avuto i primi sintomi di diarrea, ma che non sia ancora nè letargico nè disidratato. Il fatto di selezionare suini che stiano all'inizio della malattia può essere determinante per il ritrovamento o meno di molti agenti infettivi virali come i rotavirus ed i coronavirus. La quantità di particelle virali negli enterociti dei suinetti appena infettati è molto più elevata rispetto ai suinetti che sono già cronici. I suinetti infetti cronicamente avranno già perso l'epitelio che ricopre le cripte, ed è pertanto più difficile trovare gli antigeni o l'RNA virale.
Il campione ideale per la diagnosi dei patogeni enterici neonatali è l'invio dei suinetti ancora vivi. L'importanza della istopatologia, uno dei metodi principali, il tempo trascorso dalla morte e l'autolisi sono i principali ostacoli ad una corretta valutazione delle lesioni e degli accertamenti degli agenti infettivi nelle cellule enteriche. Per esempio, 20 - 30 minuti dopo la morte, avviene un distaccamento diffuso degli enterociti dagli apici dei villi intestinali dovuto all'autolisi, rendendo la diagnosi istopatologica da ETEC e I. suis impossibile. A due ore post-mortem, tutto il tessuto dalla metà alla punta dei villi diventa eosinofilico, senza più la distinzione delle cellule dovuto all'autolisi. Siccome la maggior parte dei campioni arrivano in laboratorio il giorno dopo la morte, l'invio esclusivo di campioni intestinali non è una soluzione, perchè limita significativamente o addirittura totalmente la valutazione istopatologica adeguata. Di conseguenza, è fondamentale che se non si inviano al Laboratorio animali vivi, i campioni di intestino devono essere inviati dopo l'eutanasia dei suinetti. I frammenti di intestino devono avere 2-3 cm di lunghezza e contenere 2 tratti di ileo; tra 4-5 tratti di digiuno,1 tratto di ceco, 1 di colon prossimale e 2 di colon spirale e devono tutti essere fissati in formalina (al 10%) in borse o ricipienti in plastica. Si devono inviare al Laboratorio anche i linfonodi mesenterici e frammenti di fegato. Tutti questi campioni si useranno per l'esame istopatologico ed in alcuni casi, anche per l'immunoistochimica (PED, TGE, Rotavirus) o ibridazione in situ (ISH).
Oltre ai campioni fissati in formalina è importante inviare campioni freschi per il batteriologico, virologico ed analisi molecolari e biologiche. I frammenti devono avere 10-15 cm di longitudine di ileo e digiuno e le restanti porzioni di ceco e colon spriale, inviandoli in un sacchetto di plastica. I linfonodi mesenterici ed i frammenti di fegato devono essere inviati in sacchetti separati per evitare le contaminazioni.