Misurare il livello di protezione dei suini nei confronti dei vari agenti patogeni è complesso e talvolta deludente. A seconda dell'agente patogeno che ci interessa, la misurazione delle varie reazioni immunitarie contro l'agente patogeno specifico, può essere correlata alla protezione. Nel caso della PRRS, tuttavia, non sono note correlazioni di protezione, il che significa che non esiste un test di laboratorio che possa sicuramente rispondere alla domanda: fino a che punto un suino è protetto nei confronti della PRRS?...
La risposta umorale o cellulare del sistema immunitario può essere, potenzialmente, misurata con il fine di misurare la protezione. La determinazione più comune della risposta immunitaria nei confronti del virus della PRRS è la prova anticorpale mediante le tecniche ELISA. I test ELISA misurano generalmente gli anticorpi diretti contro la nucleoproteina del virus PRRS, una proteina virale altamente espressa. Questi anticorpi non sono correlati con la protezione e permettono solamente di determinare se un suino è stato precedentemente in contatto con il virus della PRRS (López, 2007). Tuttavia, non è possibile distinguere se questi anticorpi sono diretti contro un virus di campo o un virus vivo modificato di un vaccino. Inoltre, questi test non consentono la differenziazione tra anticorpi di origine materna e anticorpi prodotti attivamente dal suinetto.
Altre opzioni per misurare la risposta immunitaria e la protezione dei suini contro la PRRS, comprendono la determinazione degli anticorpi neutralizzanti o la risposta immunitaria cellulare. Entrambi potrebbero essere coinvolti nella protezione, ma la loro rilevanza nell'immunità contro la PRRS è discussa in modo controverso in letteratura. Gli anticorpi neutralizzanti contro la PRRS compaiono spesso nel periodo in cui il virus PRRS viene eliminato dal sangue, suggerendo un ruolo cruciale degli anticorpi neutralizzanti nell'eliminazione del virus. In studi sperimentali, alte dosi di anticorpi neutralizzanti hanno impedito l'infezione transplacentare da PRRS ai feti ed hanno fornito l'immunità sterilizzante alla scrofa e ai suinetti nell'utero (Osorio, 2002, López, 2007). Tuttavia, altri esperimenti hanno dimostrato che il virus PRRS è stato eliminato dal sangue di animali infetti senza livelli misurabili di anticorpi neutralizzanti (Diaz, 2006) o che, in presenza di anticorpi neutralizzanti, il virus PRRS poteva ancora essere isolato dal sangue dei suini infetti ( Vezina, 1996). Alla fine, il ruolo degli anticorpi neutralizzanti nella protezione nei confronti della PRRS non è completamente chiaro e la loro determinazione nella diagnostica routinaria non è fattibile (vedi di seguito).
La risposta immunitaria cellulare alla infezione da PRRS non è stata ben studiata come l'immunità umorale, anche se potrebbe essere cruciale per una risposta immunitaria protettiva. La misurazione di cellule secernenti l'interferone gamma (IFN-γ) specifiche per la PRRS mediante il test immunospot collegato all'enzima (ELISPOT enzyme-linked immunospot), è quella più frequentemente eseguita per misurare la risposta immunitaria mediata dalle cellule. Come la misurazione di anticorpi neutralizzanti specifici contro la PRRS, i test ELISPOT attuali non sono adeguati per la diagnostica di routine, dato che sono test costosi e laboriosi. Richiedono l'isolamento delle cellule del sangue o dei tessuti e una re-stimolazione di quelle cellule isolate con l'omologo virus PRRS. Fatta eccezione per la determinazione della risposta immunitaria cellulare indotta dal vaccino, il ceppo PRRS omologo non è normalmente disponibile per la re-stimolazione cellulare, poiché l'isolamento del virus PRRS non viene eseguito abitualmente per ogni singolo allevamento. Lo stesso vale per la determinazione degli anticorpi neutralizzanti che richiedono anch'essi il virus omologo.
L'elevata diversità genetica del virus non sta solo complicando i test di laboratorio, ma anche la stima del livello di protezione dei suini nei confronti della PRRS. Numerosi studi hanno dimostrato che è possibile ottenere una protezione completa, cioè l'immunità sterile, infettando i suini consecutivamente con lo stesso virus (Lager, 1997, 1999). È stato anche dimostrato che la protezione omologa può durare a lungo, per almeno 604 giorni (Lager, 1997). Tuttavia, un suino protetto da un ceppo di PRRS non è necessariamente protetto da ceppi eterologhi. Il livello di protezione eterologa può variare notevolmente ed è impossibile prevederlo. L'analisi della sequenza, specialmente se eseguita su una parte del genoma virale, più comune nelle diagnosi di routine (ad esempio ORF5), non può essere utilizzata per valutare la protezione. In particolare, l'omologia tra un virus di campo specifico con diversi isolati del virus vaccinale, non può essere utilizzata per la selezione del vaccino. Oltre alla variabilità del virus, i fattori dell'ospite influenzano anche il livello di protezione eterologa. La ricerca condotta principalmente negli Stati Uniti ha dimostrato che il genoma dell'ospite, ovvero il background genetico del suino, sta influenzando la suscettibilità alla PRRS.